نرم افزارهای طراحی پرایمر

شرکت دنا ژن تجهیز تولید کننده انواع تجهیزات مولکولی می باشد که قرار است به صورت مرتب تکنیک های مولکولی را برای کاربران و به صورت رایگان بر روی وبسایت خود قرار دهد.

دو نوع نرم افزار برای طراحی پرایمر استفاده می­ شود. نرم افزار های نوع اول تحت وب هستند و به صورت آنلاین می توان از آنها استفاده کرد. از جمله این نرم افزارها میتوان به primer 3، primer 3 plus، primer blast، PCR primer design و primerQuest اشاره کرد. یکی از معروف ترین نرم افزارهای تحت وب نرم افزار prmer 3 است و از این جهت قابل اعتماد است که الگوریتم آن دقیقا مثل ncbi است. محدودیت primer 3 این است که محدود به چند ژنوم خاص است ولی primer blast هر ژنومی را که بخواهیم می­توانیم تعیین کنیم.

گروه دیگری از نرم افزارها هستند که قابلیت نصب رو کامپیوتر را دارند و نیاز به اینترنت ندارند.
از جمله این نرم افزارها می­توان primer select، DNASIS Max، primer primer، OLIGO 7، Gene Runner و primer design را نام برد.
نرم افزار Oligo را می­توان به عنوان یک ابزار ضروری و لازم برای طراحی و تجزیه و تحلیل پرایمر های PCR، ژن­های مصنوعی و انواع مختلف پروب ها (probe) از جمله siRNA و molecular beacons نام برد. الگوریتم­ های جستجو در Oligo، بر مبنای جدیدترین اطلاعات، پرایمرهای بهینه شامل Taqman, highly multiplexed, consensus یا پرایمرهای degenerate را برای PCR پیدا می­کند. در این نرم افزار پردازش گروهی فایل­ها امکان پذیر بوده و علاوه بر این می­توان از آن به عنوان ابزاری ارزشمند در تشخیص جهش ­های ژنتیکی استفاده نمود. هر پرایمر و یا جفت پرایمر، Oligo تجزیه و تحلیل­های مختلف را به همراه اطلاعات مفیدی مانند DNA و ساختار ثانویه RNA، پرایمرهای نادرست، ترکیبات و خواص فیزیکی مفید و ... را نشان می دهد.

در پست های آینده به صورت مفصل نحوه کار با نرم افزار اولیگو (Oligo) ارایه می شود.